1938. Indiana Jones ezúttal részben személyes okokból hagyja ott a tanári szobáját és csatolja fel ostorát. Hírt kap arról, hogy édesapját - akinek árnyékából számos kaland, eredmény és tudományos elismerés után sem volt még képes kilépni - elrabolták! Kiderül, hogy idősebb Jones professzor a nácik fogságában van. A németek tudják, hogy Jones titkos naplója számos olyan fontos feljegyzést tartalmaz, amely segíthet nekik közelebb kerülni néhány hőn áhított műkincs lelőhelyéhez. Ezúttal sem akármilyen ereklye után folyik a hajsza: a nácik a Szent Grált akarják megszerezni mindenáron, a kelyhet, amely a legenda szerint az örök élet kulcsa! Indy kénytelen behatolni az oroszlán barlangjába - a nácik főhadiszállására, hogy kiszabadítsa apját. A két Jones ettől kezdve egyszerre lesz üldözött és üldöző: életveszélyes kalandok tucatjain vereszik át magukat, hogy a németek előtt kaparintsák meg a kelyhet, miközben sarkukban lohol az egész Harmadik Birodalom. A kalandok során fény derül arra is, honnan kapta ifjabb Jones az Indiana nevet!